自2002年X档案的六年后,前联邦探员丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)调任某教会医院担任医师,福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)则过着隐居的生活,继续着对超自然现象的关注。某天,FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内,维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪,其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫(Billy Connolly 饰)声称看到了犯罪画面,因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入,穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……本片为同名美剧的第二部剧场版。
21世纪第一个50年,人类没有迎来最终的繁荣与和平,反而陷入旷日持久的星际战争中。地外文明辛塔利入侵地球,无数人类的勇士前仆后继,战死沙场。时间来到2079年。为了最终摧毁外星入侵者,人类加紧对新式武器的开发。斯宾赛·奥哈蒙(加里·希尼斯 Gary Sinise 饰)是武器研发部门的工程师,他的研究取得突破,新式武器的诞生指日可待。而就在这关键时刻,斯宾塞的身份遭到质疑。政府怀疑他是辛塔利派来的间谍,其体内更藏有一颗威力强大的炸弹。他虽然不断辩解,但无济于事。眼看命悬一线,斯宾塞伺机逃亡。他一面躲避政府的追捕,一面要想方设法证明自己的清白。在这一过程中真相逐渐浮出水面,面对真相,斯宾塞本人也受到莫大震动……